新疆布尔根河狸自然保护区成立于1980年（新政发[1980]167号），2013年（国办发[2013]111号）晋升为国家级自然保护区。保护区位于新疆维吾尔自治区阿勒泰地区青河县境内，地理坐标为东经90°27′～91°00′，北纬46°05′～46°15′。保护区行政区划范围以布尔根河主流中线为起点，向两岸外侧各延伸500米，自中蒙边境线开始向西延长至布尔根河与青格里河两河交汇处，总面积5000公顷，其中核心区691.33公顷，占保护区总面积的13.83%；缓冲区1262.69公顷，占保护区总面积的25.25％；实验区3045.98公顷，占保护区总面积的60.92％。布尔根河狸保护区是以保护珍稀、濒危的蒙新河狸及其栖息自然环境为主要目的的保护区，集动植物物种保护、生物多样性保护、湿地保护、水源涵养、科学研究、科普宣教、对外交流合作和自然资源永续利用等功能于一体的野生动物类型的自然保护区。

河狸是200万年前第四纪早更新世幸存的物种，是世界现存最古老的动物之一，有动物世界“建筑师”和古脊椎动物“活化石”之称，极具科学研究价值。世界上现存的河狸仅有美洲河狸和欧亚河狸两种。我国分布的河狸属于欧亚河狸亚种之一，命名为蒙新河狸(Castor fiber)，蒙新河狸在我国被列为国家一级保护动物。

蒙新河狸分布窄，数量少，在我国仅分布于乌伦古河及其上游的青格里河、布尔根河两岸，尤以布尔根河最为集中。布尔根河是我国唯一的河狸国家级自然保护区，栖息着超过20%以上的蒙新河狸家族。

保护区植被类型属荒漠绿洲，主要由河谷草原植物群落、河谷水生植物群落、河谷次生林及荒漠灌木群落组成，河谷植物群落覆盖率占60％以上，包括蒙新河狸在内的诸多野生动物围绕该湿地栖息和繁衍，构成复杂的湿地——干旱区复合生态系统。

保护区内植物种类有41科387种，常见的木本植物有土伦柳、油柴柳（Salix caspica）、三蕊柳（Salix triandra）、沼泽柳、苦杨（Populus laurifolia）、红果山楂（Crataegus pinnatifida）

常见的草木植物有冰草（Agropyron cristatum）、苔草（Carex）、灯心草（Juncus effusus）、车前（Plantago asiatica）、蒲草（Typha latifolia）、芦苇（Phragmites australis）、岌岌草（Achnatherum splendens）等。

鱼类有4科10种，主要为尖鳍鮈（Gobio acutipnnatus）、河鲈（Perca fluviatilis）等。鸟类较为丰富，共有222种，分属42科，属于国家一类重点保护的有6种，包括黑鹳（Ciconia nigra）、金雕（Aquila chrysaetos）、白肩雕（Aquila heliaca）、玉带海雕（Haliaeetus leucoryphus）、大鸨（Otis tarda）和波斑鸨（Chlamydotis macqueeni）。属于国家二类重点保护的有22种，包括大天鹅（Cygnus cygnus）、灰鹤（Grus grus）、蓑羽鹤（Anthropoides virgo）、苍鹰（Accipiter gentilis）、猎隼（Falco cherrug）、游隼（Falco peregrinus）等。哺乳类有11科46种，主要动物有河狸、雪豹、沙狐、狗獾、猞猁、狼、野猪、盘羊、北山羊、蒙古兔、小五趾跳鼠、五趾跳鼠等。保护区内两栖、爬行类种类较少，两栖类仅有一种为绿蟾蜍。爬行类种类有旱地沙蜥（Phrynocephalus helioscopus）、白条锦蛇（Elaphe dione）、极北蝰（Vipera berus）等10种。

保护区自建立以来，严格执行国家及地方政府有关自然保护区建设及管理方面的法律法规，目前保护区管理人员全部执证上岗。在保护区周边广泛开展公众宣传教育工作，通过设立永久性标志牌，发放保护宣传材料，形成了社区共管的良好局面。

在资源管护方面，对河狸集中分布区域的5万亩河谷林进行了围栏管护，使河谷林得以恢复，2020年保护区内共有河狸家族37个，估计种群数量170只左右。先后实施了“新疆河狸综合利用研究”和“乌伦古河水系河狸种群数量调查与栖息地保护研究”等科研项目。

1991年新疆维吾尔自治区人民政府以［1991］6号文颁发布尔根河河狸自然保护区林权证。保护区管理站隶属于阿勒泰地区林业局，编制人员共有10人,其中专业技术人员7人，行政管理人员2人，工人1人。

当地政府已意识到保护区给当地带来的机遇，因此当地政府对保护区的工作大力支持，涉及到该区域的经济规划建设当地政府首先征求保护区管理局的意见，政府与保护区之间协调衔接，沟通有方，关系融洽，配合密切，保护区在一定程度上带动了当地经济的发展。